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快速开始

该程序需要在Linux命令行中进行运行，因此需要掌握Linux的基本知识。如果不熟悉Linux系统，可以参考新手指南。

下载程序

从PhyStar-Group的GitHub开发群组，并进入PhyStar仓库中，点击Code->Download ZIP 即可下载。

由于代码并未开源，需要加入PhyStar-Group的Developer开发群组，才能正常进入仓库下载。如果仓库不可见，请联系cuizhiwen@hnu.edu.cn

将安装包复制到适当的Linux目录中，运行下面命令进行解压

unzip PhyStar-main.zip

进入解压后的目录

cd PhyStar-main

环境配置

如果是第一次使用，可能没有conda，可以按照如下步骤安装。如果已经安装过，可以跳过下一步。

Conda安装

下载安装包

最新版本的 miniconda 可通过以下链接下载

    wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

如果服务器网络不太好，可以手动下载

  • 官方网站：https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
  • 清华镜像：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

如果Linux系统版本太低，最新版本安装失败，可以下载历史版本https://repo.anaconda.com/miniconda/

目前，在ubuntu 22.04上可以使用：https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py39_25.1.1-1-Linux-x86_64.sh

安装过程

在个人路径下安装miniconda

    mkdir -p ~/miniconda3
    bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -b -u -p ~/miniconda3

加载conda环境

    source ~/miniconda3/bin/activate

测试conda环境是否加载成功

    conda init --all

一般在激活后，会在用户名前面增加(base) 标签。

PhyStar环境自动配置

在PhyStar的根目录下，运行如下命令：

bash phystar-envs.sh

配置结束后，使用时通过如下命令激活或去激活环境，激活后，命令行用户名前会出现(phystar-envs)标签

conda activate phystar-envs # 激活环境
conda deactivate            # 去激活

可以检查现在的环境是否能正确使用，

which mpirun

如果输出的mpirun的使用路径不是系统的，而是conda路径中的，即说明配置成功，比如/home/czw/.conda/envs/phystar-envs/bin/mpirun

更新配置

如果配置文件etc/phystar-envs.yml 有内容更新，可以通过下面命令更新环境

conda env update -f phystar-envs.yml --prune

运行算例

以cartboxfdm为例

进入Apps/simpleflow目录， 并新建build目录

cd Apps/cartboxfdm
mkdir build

进入build目录，进行cmake

cd build
cmake ..

编译

make -j

将runscript_shear中所有文件，copy到build目录中

cp -r ../runscript/* .

适当修改*.toml 文件中的值

运行

核数根据实际情况选择，一般总核数为ControlDict.toml文件中 MPI.Procs中各方向并行核数的乘积

 mpirun -np 16 ./cartboxfdm