新手指南¶

准备工作¶

是否了解什么是Linux系统？不了解，可参考 https://www.runoob.com/linux/linux-tutorial.html
是否拥有Linux服务器，比如Ubuntu系统？
1. 如果没有，但使用的是windows系统，可以自行安装WSL，可参考Windows 11 安装WSL2 子系统
2. 如果拥有，请记住服务器的IP地址
以VSCode作为示例，开启VSCode后，在左侧应用栏目，安装Remote-ssh 与 WSL：
1. 点击左侧栏目远程图标
  - 如果为远程服务器，选择“1”-“Remotes(Tunnels/SSH)”, 再点击SSH末尾处的+号，新增远程登录途径
    
    按照提示，比如以test为用户名，ip地址为111.111.101.101（该用户名与ip地址仅为示例，以实际拥有的远程服务器ip为准），可以输入 ssh test@111.111.101.101 -A
    
    选择配置文件存储位置（默认即可）
    
    如果需要修改ssh配置，可以点击SSH的齿轮设置符号，可以在配置文件位置修改参数
    
    可以根据需求，修改配置参数内容；如果需要新增连接，可以参考模板进行添加即可：
    
    点击箭头，或者新建窗口连接，就可以连接到远程服务器了
  - 如果为本地WSL2 系统，选择“2”-“WSL Targets”, 在列表中选择后，即可进入
2. 按照提示，输入密码，即可进入。可以在左侧文件浏览栏目，打开文件夹。根据提示输入相应文件的路径即可在左侧观察到路径中的文件
3. 可以尝试点击不同文件，查看一下文件内容。
4. 点击菜单栏目中Terminal->new terminal，会在vscode底部打开命令行窗口，其与putty功能一样。

环境配置¶

需要在系统中提前安装Conda或者miniConda。对于常见的超算，一般自带conda，需要自行向管理员咨询。如果服务器没有安装Conda，可以参考如下步骤：

Conda 安装¶

最新版本的 miniconda 可通过以下链接下载

    wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

如果服务器网络不太好，可以手动下载

官方网站：https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
清华镜像：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

在个人路径下安装miniconda

    mkdir -p ~/miniconda3
    bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -b -u -p ~/miniconda3

加载conda环境

    source ~/miniconda3/bin/activate

测试conda环境是否加载成功

    conda init --all

如果要卸载conda

    conda deactivate

PhyStar环境¶

下载PhyStar源码的方式有很多，可以自行在GitHub上下载，也可以通过git clone命令，也能使用提供的zip文件。假设大家下载到源码，并把源码解压到某个服务器路径，在命令行输入

    bash /path/to/phystar/phystar-envs.sh

其中/path/to/phystar/ 需要替换场PhyStar根目录，如果已经在PhyStar的根目录，路径为空，或者./ 均可。此时，会自动根据程序所需，下载相应的依赖包。

每次打开命令行使用PhyStar时，可以输入

    conda activate phystar-envs

即可加载PhyStar所需要的环境。

运行¶

slurm集群¶

由于Conda无法在slurm系统的后台提交中激活，需要在sbatch文件中添加如下命令：

module load  conda/miniconda3 
CONDA_SH=$(dirname $(dirname $(which conda)))/etc/profile.d/conda.sh #找到conda.sh的路径
source $CONDA_SH # 运行conda
conda activate phystar-envs # 加载环境变量